SMATSA доо је посвећена достизању и одржавању високог нивоа обезбеђивања у оквиру свих пословних активности и реализује се кроз развој и примену система управљања обезбеђивањем у ваздухопловству (Security Management System, SeMS), који је део интегрисаног менаџмент система компаније, а којим се постиже заштита инфраструктуре, објеката и система, особља, оперативних података и комуникационих технологија од радњи незаконитог ометања.
Мере обезбеђивања у ваздухопловству у SMATSA доо спроводе се у складу са домаћим законима, подзаконским актима држава оснивача и Националним програмом за обезбеђивање у ваздухопловству Републике Србије и Националним програмом безбједнсти ваздушног саобраћаја Црне Горе, као и стандардима обезбеђивања Међународне организације цивилног ваздухопловства (ICAO), Европске конференција цивилног ваздухопловства (ЕCAC) и Европске уније.
У SMATSA доо обезбеђивање у ваздухопловству укључује све запослене и у циљу развоја културе обезбеђивања у ваздухопловству запосленима се редовно достављају информације у вези са обезбеђивањем и организују се обуке за запослене у складу са задужењима, а запослени се охрабрују и мотивишу за достављање повратних информација у вези са обезбеђивањем у ваздухопловству.